在國內首度依研究領域建立研究群,教師依專長隸屬不同研究群,共同合作,確立研究主題與範圍。本系三大研究群領域為:形上學與知識論研究領域、倫理學與法政哲學研究領域、邏輯與科學哲學研究領域。第一領域除研究傳統哲學問題之外,更深入發展心與認知之基礎研究,並設立「心靈、語言與資訊研究室」;第二領域以當代政治哲學、倫理學以及法律哲學之研究為主,亦設立「哲學與公共事務研究室」擴展倫理學與法政哲學之理論研究至公共事務等實踐層面之問題,掌握社會脈動,關懷社會人文;第三領域在邏輯方面,著重數理邏輯、各種哲學邏輯與邏輯哲學之研究,在科學哲學方面,則特別重視物理學哲學以及生物學哲學等自然科學的哲學議題,以加強哲學與自然科學之整合。

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